Lịch sử xây dựng chùa, đến nay còn nhiều ý kiến khác nhau, đâu đó vào thế kỷ 6 – 7, với bao lần trùng tu, sửa chữa. Cũng có ý kiến cho rằng, chùa được xây dựng vào thời Mạc, cuối thế kỷ 16, với căn cứ là tấm bia đá Sùng Phúc tự thạch bi, dẫu không rõ niên đại, nhưng hoa văn trang trí thuộc phong cách nghệ thuật cuối thế kỷ 16, đầu thế kỷ 17.
Tuy nhiên, những ghi chép của sử thánh văn thì khá rõ vào những niên điểm trùng tu, tôn tạo và thay mới ngôi chùa này. Năm 1632, Vua Lê Thần Tông đã cho xây ở đây thượng điện 3 gian, hậu cung và 20 gian hành lang. Khoảng những năm 1657 - 1682, Tây Đô vương Trịnh Tạc lại cho phá chùa cũ, xây lại chùa mới và tam quan. Đến năm 1794, nhà Tây Sơn tu bổ lớn, và đổi tên là Tây Phương cổ tự. Đó cũng chính là những gì còn lại đến hôm nay mà Phật tử hành hương và du khách viếng thăm còn có thể chiêm bái.
Chùa Tây Phương nằm ở trên núi, khách hành hương phải vượt qua 239 bậc gạch lát đá ong mới đến tam quan. Chùa có 3 đơn nguyên, bố cục theo hình chữ Tam: Bái đường – chính điện và hậu cung. Kiến trúc ở đây làm theo lối chồng diêm, tường xây không vôi vữa, tạo nên một vẻ thô mộc, cũng là một nét thường thấy trong kiến trúc cổ Việt Nam. Điểm xuyết trên những bức tường ấy là những ô cửa tròn, biểu tượng “sắc sắc không không” của nhà Phật. Bộ khung gỗ của ba tòa chữ tam rất đơn giản, mang đặc trưng phong cách của nghệ thuật Tây Sơn - Gia Long thế kỷ 18 - 19. Hoa văn trang trí trên những vì kèo, đầu bẩy, cốn, xà nách, ván bưng…là lá đề, hoa sen, cúc, rồng, phượng…rất quen thuộc và gần gũi với nhà Phật, nhưng cũng là biểu tượng của nghệ thuật truyền thống Việt với sự hòa quyện của yếu tố cung đình, khi Tây Phương được coi là một Quốc tự xây dựng ở miền thôn dã. Người ta bảo rằng, những tác phẩm điêu khắc ở đây, không hẳn là của thợ mộc cung đình, mà những đồ án do cung đình đặt làm đã được các nghệ nhân làng nghề Tràng Sơn nổi tiếng thể hiện với một sự tâm huyết của người xứ Đoài gửi vào bên trong công trình trọng đại của nhà nước khi ấy.
Tuy nhiên, giá trị đặc sắc của ngôi chùa này chính là bộ tượng 72 vị La Hán, sơn son thếp vàng: Tâm thế Phật (Quá khứ, hiện tại, tương lai). A Di Đà tam tôn, Tuyết Sơn, A Nam – Ca Diếp, Di Lặc, Văn Thù, Bồ Tát, Phổ Hiền, Bát Bộ kim cương... Đây là những tác phẩm tượng tròn được diễn tả sinh động qua các thế đứng, thế ngồi, thế võ…với một kích thước hoành tráng, hiếm thấy trong các Phật điện Việt Nam, ở thế kỷ 17 - 18.
Bộ tượng 16 vị tổ có thể nói là sự hoàn mỹ về nghệ thuật tạc tượng của nghệ nhân thời đại này. Mỗi pho có vẻ mặt và tư thế khác nhau, vừa xa lạ, vừa thân quen, vừa linh thiêng vừa gần gũi, toát lên đời sống tu hành nhưng cũng rất đỗi đời thường mà ta có thể cảm nhận được từ các biểu cảm của đôi môi, khóe mắt. Những pho tượng ở đây được tạc trong tư thế tĩnh, nhưng chắp nối liên hoàn hay độc lập trên mỗi tác phẩm, có vẻ như rất động, cũng là một sự đặc biệt của tiếu tượng học Phật giáo Việt Nam. Hãy xem pho tượng La Hầu La có thể liên tưởng tới ngay chân dung của một cụ già Việt Nam, với thân hình gầy gò, mặt nhỏ, gò má cao, môi mỏng, y phục được điêu khắc hiện thực, sinh động với đường nét tinh tế, mềm mại, tay cầm gậy trúc, tay kia để trên gối, ung dung tự tại khác nào một tiên chỉ làng, nhưng tinh thần của Phật vẫn hiển hiện. Đó chính là sự tài hoa, khéo léo của nghệ nhân mà tôi đoán chắc rằng, giờ đây, để sao chép được những tác phẩm ấy từ các nhà điêu khắc tài hoa hiện đại, cũng là những thử thách không thể vượt qua.
Chùa Tây Phương với kiến trúc khiêm nhường, tọa lạc trên một ngọn núi có cảnh quan thâm u, tĩnh lặng, chứa đựng bên trong đó là một di sản “độc nhất vô nhị” về những pho tượng Phật, thiết nghĩ sẽ là điểm đến vô cùng hấp dẫn đối với du khách, để thưởng ngoạn và chiêm bái.
TS Phạm Quốc Quân